（一）組織管理
實驗室主任負責制。重點實驗室實行依托單位領導下的主任負責制，實驗室主任負責實驗室的科學研究、學術交流、財務開支和日常管理等工作；同時，實驗室主任負責指導、協調和監督野外科學試驗站的業務活動。
實驗室主任的聘任。重點實驗室主任每屆任期五年，由依托單位組織在固定人員中公開招聘推薦，報農業部批準后，由主管單位聘任。
學術委員會咨詢制。設立重點實驗室學術委員會，作為編制實驗室發展規劃，開展學術評審和考核評價的決策咨詢機構，同時負責指導監督實驗室主任按照實驗室研究方向和發展規劃開展工作，評價學術水平和科研成果等。
重點實驗室學術委員會下設秘書處，掛靠重點實驗室依托單位科研處，負責加強與綜合性重點實驗室的聯系，負責制定本實驗室的年度工作計劃、編報年度工作總結、編報成果匯編，負責組織重點實驗室和野外科學試驗站之間的學術交流與溝通協作等日常性工作。
重點實驗室按研究方向和研究內容設置研究單元，實行固定編制與流動編制相結合的人員管理制度，保持人員的適度規模和合理流動。固定人員包括研究人員、技術人員和管理人員，流動人員包括訪問學者、博士后研究人員。
（二）運行機制
堅持“開放、流動、聯合、競爭”的運行機制，在綜合性重點實驗室、區域性重點實驗室與野外科學試驗站之間建立有效的利益鏈接，使各單位緊密合作、資源共享，保證“學科群”的有效運轉，最大程度地發揮效能。
分工協作機制。以綜合性重點實驗室為龍頭，以專業性（區域性）重點實驗室為骨干，野外科學試驗站為補充，建立各級重點實驗室各司其職、分工協作的工作機制，形成布局合理、學科健全、上下聯通、有機配合的一體化海洋漁業科研體系。
專業性重點實驗室主要立足于所在海區，結合優勢專業方向，組織開展區域共性和專業領域的關鍵技術研究，重點突破一批區域性、專業性的難題，為區域海洋漁業發展提供和儲備關鍵技術，形成“學科群”的專業領域技術支撐。
野外科學試驗站主要觀測海洋漁業相關活動影響因子及其特點和規律，對應用基礎研究成果進行階段性試驗，為解釋相關海洋漁業科學問題提供必要的數據支撐，對經試驗示范的新品種、新技術進行推廣應用，是“學科群”的產業一線“信息員”，推廣示范“學科群”研究成果，并及時反饋海洋漁業一線生產需求。
科技資源共享機制。 “學科群”建立科研信息、基礎研究數據、實驗材料資源和大型儀器設備等科技資源的共享，充分發揮各自潛力，實現科技資源的使用效率和效益的最大化，強化海洋漁業科技研究的開放和協作，形成互利互惠、多學科交叉協作的局面，推進海洋漁業科技創新能力提升。
科研與推廣銜接機制。堅持以為海洋漁業產業提供中上游技術支撐為重點，同時兼顧相關技術的推廣應用，發揮重點實驗室優勢，積極探索科研與推廣有效銜接的機制。加強各層級重點實驗室的交流和技術合作，推動先進管理五保戶和成功建設模式的普及和推廣。
交流合作機制。實驗室立足區域，面向全國、面向世界，建成集科技創新、科研中試和產業示范于一體的科研體系，瞄準國際高新技術前沿，突出高起點、高水準的特色，積極鼓勵開展國內外的交流與合作。建立定期的學術交流制度，積極與有關國際組織和國家建立合作機制，不斷拓寬科學研究的合作領域和范圍。
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